مهمته دراسة حركة المياه البحرية وتنقل كتل مياه المحيط الأطلسي والبحر الأبيض المتوسط، وتتبع تغيرات المكان والزمان لظاهرة تصاعد تيارات المياه الباردة على طول السواحل الأطلسية المغربية، معتمدين في ذلك على رحلات بحرية استكشافية لقياس الأملاح المغذية، الأكسجين المذاب، المواد المذابة، المادة العضوية وحبيبية الترسبات، كما يعمل المختبر أيضا على النمذجة الهيدروديناميكية.

إلى جانب هذا يضم المختبر وحدة لتتبع تغيرات حرارة سطح المياه عبر أداة الاستشعار عن بعد وكذالك ديناميكية  المياه التصاعدية.

يتوفر هذا المختبر على أربعة أاطر باحثين وتقنيان.