مهمته التنقيب من أجل تقييم المخزون ودراسة بيولوجيا الموارد البحرية الساحلية ذات القيمة الاقتصادية كالصدفيات والرخويات والشوكيات، وذلك بهدف إنجاز معطيات علمية تساهم في التنمية والتسيير المستدام لهذه الموارد. كما يقوم المختبر برحلات استكشافية بحرية على مثن القوارب أو بواخر الصيد ومن تم إعداد خرائطية الأنواع المستهدفة وتقييم الكتل الحيوية، بالإضافة الى العمل على مؤشرات التنوع البيولوجي وبيولوجيا الأنواع.