تتلخص مهام المعهد في المحاور الستة الاتية:

1
دراسة عمل الأنظمة الايكولوجية البحرية والساحلية،
2
مراقبة جودة و سلامة الوسط البحري،
3
تقييم الموار د البحرية و تتبع استغلالها،
4
اختبار تقنيات الصيد البحري،
5
المساهمة في إعداد وتنفيذ مخططات تهيئة مصايد الأسماك وتطوير تربية الأحياء المائية،
6
تثمين المنتوجات البحرية.

عبر مهامه يغطي المعهد ثلاث مواضيع في إطار البحث في الصيد البحري:

مواضيع البحث في الصيد البحري الرئيسية
الوسط و الموارد
الاستغلال
التسويق
دراسة عمل الأنظمة الايكولوجية البحرية والساحلية
 
 
مراقبة جودة و سلامة الوسط البحري
 
تقييم الموار د البحرية و تتبع استغلالها
 
 
اختبار تقنيات الصيد البحري
 
 
المساهمة في إعداد وتنفيذ مخططات تهيئة مصايد الأسماك وتطوير تربية الأحياء المائية
تثمين المنتوجات البحرية