تتلخص مهام المعهد في المحاور الستة الاتية:
1
دراسة عمل الأنظمة الايكولوجية البحرية والساحلية،
2
مراقبة جودة و سلامة الوسط البحري،
3
تقييم الموار د البحرية و تتبع استغلالها،
4
اختبار تقنيات الصيد البحري،
5
المساهمة في إعداد وتنفيذ مخططات تهيئة مصايد الأسماك وتطوير تربية الأحياء المائية،
6
تثمين المنتوجات البحرية.
عبر مهامه يغطي المعهد ثلاث مواضيع في إطار البحث في الصيد البحري:
مواضيع البحث في الصيد البحري الرئيسية
الوسط و الموارد
الاستغلال
التسويق
دراسة عمل الأنظمة الايكولوجية البحرية والساحلية

مراقبة جودة و سلامة الوسط البحري


تقييم الموار د البحرية و تتبع استغلالها

اختبار تقنيات الصيد البحري

المساهمة في إعداد وتنفيذ مخططات تهيئة مصايد الأسماك وتطوير تربية الأحياء المائية



تثمين المنتوجات البحرية
