تتلخص مهام المعهد في المحاور الستة الاتية:
لقد عرف سياق واشكاليات البحث في ميدان الصيد البحري تطورا كبيرا منذ إنشاء المعهد الوطني للبحث في الصيد البحري، مرورا بمسألة الاستكشاف وتطوير مصايد الأسماك جديدة إلى قضايا الحفاظ على التنوع البيولوجي، والحفاظ في مواجهة الاستغلال المفرط، التثمين، وفهم آثار تغير المناخ أو سلامة صحة البيئة البحرية.
إذا كان الابتكار يولد نتاجا للقدرات العلمية والتقنية التي تضمن إنتاج منتجات جديدة وتوليد معارف جديدة لتقييم المنتجات البحرية ومنتجات تربية الأحياء المائية، فإن فعالية وكفاءة خصائص المنتجات المبتكرة خصيصا لتوقعات المستهلكين والأسواق يعتبر أيضًا شرطًا للابتكار.
