مع مطلع القرن الحادي والعشرين، شكلت التغيرات المناخية وخطر استنزاف الموارد البحرية تحديات كبرى للإنسانية وأصبح المجتمع العلمي محورا للضغوطات الإنسانية، حيث يقوم المعهد الوطني بدوره كاملا في هذا المجال.

إن المعهد الوطني ليس مؤهلا فقط لمواكبة تسيير الموارد بل المساهمة أيضا في تنمية الاستثمار المستدام بقطاعي الصيد البحري وتربية الأحياء المائية وذلك من أجل المساهمة في نظام وطني لمراقبة صحة وسلامة الوسط البحري وجودة الموارد البحرية الضرورية لحماية مستهلكي منتجات الصيد البحري و في مواجهة كل هذه التحديات و مع توفره على كل مقومات النجاح: المؤسساتية، الموارد البشرية، الخبرة، البنية التحتية...

تستند مجالات العمل ومجال البحث المتعددة للمعهد في البداية على تنظيم مركزي يقوم على شعب علمية (الموارد البحرية، جودة وسلامة الوسط البحري، علوم المحيطات) تعمل على التنسيق والإشراف على الأنشطة العلمية الوطنية بدعم من الشعبة الادارية.

الموارد البحرية

تقييم الموارد السمكية، تشخيص حالة المخزونات وتحديد مستويات الاستغلال البيولوجي، دراسة العوامل التي تحكم تطورها بالإضافة الى اعداد كل المعطيات البيولوجية والتقنية والاقتصادية اللازمة لإعداد مخططات التهيئة. 

جودة وسلامة الوسط البحري       

مراقبة سلامة المنتجات السمكية ومنتجات تربية الأحياء المائية في الوسط البحري.

ضمان المراقبة المستمرة للساحل البحري وكدا مراقبة مختلف مصادر التلوث الكيميائية والمكروبيولوجية والأضرار التي يمكن أن تخل بتوازن البيئة البحرية.

علوم المحيطات

إجراء دراسات وبحوث في مجال علوم المحيطات على طول المحيط الأطلسي المغربي وسواحل البحر الأبيض المتوسط، تهدف الى تعميق المعرفة بالبيئة البحرية وفهم تأثيرها على ديناميكية الموارد السمكية.