Le Département d’océanographie a pour missions de :
- Assurer le suivi des propriétés océanographiques (physicochimiques, hydrodynamiques, biologiques...) des écosystèmes marins et littoraux ;
- Mener des études et des recherches dans le domaine d'océanographie le long des côtes atlantiques et méditerranéennes marocaines, destinées à approfondir les connaissances sur le milieu marin et à mieux comprendre ses effets sur la dynamique des ressources halieutiques ;
- Développer la modélisation des processus océanographiques et des interactions écosystémiques.